Nel 1142 Calizzano passò a Enrico il Guercio, capostipite dei Del Carretto, e rimase possedimento della famiglia fino al 1602 quando la Spagna si impadronì del Marchesato di Finale. 

Il castello fu costruito nel XIII secolo su una preesistente fortificazione del X secolo, in posizione dominante sul borgo, ed è citato in un atto ufficiale del 1268 stipulato tra i tre figli di Giacomo Del Carretto, morto tre anni prima, che sancì la suddivisione dei possedimenti paterni.

Possenti mura munite di torri collegavano il castello e il borgo e assicuravano la difesa delle case, di questa struttura difensiva sono rimaste alcune tracce al di sotto del castello, sebbene inglobate in edifici di epoca più recente, e la base di una delle torri trasformata nel campanile della chiesa di San Lorenzo.

Durante la  guerra del Finale (1447-1452), tra i Del Carretto e l'acerrima nemica Genova, Marco Del Carretto, Signore di Calizzano, tradì il marchese Galeotto Del Carretto aiutando i suoi nemici: la reazione di Galeotto e i suoi alleati francesi fu durissima e costrinse Marco e i suoi cugini a fuggire ad Osiglia mentre Calizzano veniva saccheggiata e il castello distrutto.

Come altri castelli della Val Bormida l'antica fortezza di Calizzano, sebbene già in stato decadente, fu coinvolta nel corso delle battaglie napoleoniche aspramente combattute tra l'esercito francese e quello austro-piemontese.

Sono giunte fino ai giorni nostri parte del recinto e la scuderia trasformata nel XVII secolo nell'oratorio di San Giovanni Battista: questi silenziosi ruderi nascosti nella boscaglia insieme ai resti della torre di Aleramo, a Caragna, che vigila sull'itinerario verso il passo dei Giovetti, e l'altra torre medioevale su una collina in località Giaire, ricordano il sistema di fortificazione architettato dai Del Carretto a difesa del loro feudo.